Madrasah Tsanawiyah Putera (MTs Pa) Sunniyyah merupakan salah satu unit pendidikan di Yayasan Sunniyyah Selo. MTs Pa Sunniyyah terletak di komplek Makam Ki Ageng Selo Desa Selo Kecamatan Tawangharjo Kabupaten Grobogan Provinsi Jawa Tengah. MTs Pa Sunniyyah mulai beroperasi pada tahun 1956. Saat itu nama madrasah ini hanya Madrasah Tsanawiyah (MTs) Sunniyyah. Pendirian MTs Sunniyyah merupakan sebuah jawaban dari tuntutan masyarakat akan adanya suatu lembaga pendidikan yang lebih tinggi dari Madrasah Ibtidaiyah yang sudah dirintis sebelumnya. Jadi salah satu tujuan pendirian MTs Sunniyyah adalah untuk menampung alumni MI Sunniyyah yang masih ingin melanjutkan pendidikannya.
Pada awal berdirinya, MTs Sunniyyah lebih mengfokuskan pelajarannya pada pelajaran agama dan pendidikan MTs Sunniyyah berlangsung selama 6 tahun. Bukan 3 tahun seperti sekarang. Kehadiran MTs Sunniyyah mendapat sambutan baik dari masyarakat. Hal ini dibuktikan dengan semakin banyaknya siswa dari tahun ke tahun, baik laki-laki maupun perempuan.
Perkembangan ini, selain menggembirakan, menggelisahkan pengurus Madrasah. Siswa-siswi yang mulai beranjak remaja menggelisahkan pengurus Madrasah jika dalam proses belajar mengajar masih dikumpulkan dalam satu kelas.
Oleh karena itu, pada tahun 1967 siswa-siswi MTs Sunniyyah dipisahkan dan membawa implikasi pada pendirian Madrasah Tsanawiyah khusus siswi (puteri) yang diberi nama Madrasah Tsanawiyah Puteri (MTs Pi) Sunniyyah Selo. Sedangkan MTs Sunniyyah Selo berubah nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Putera (MTs Pa) Sunniyyah sampai sekarang. Ini karena semua peserta didik (murid) adalah anak-anak laki-laki.
Bersamaan dengan pemisahan antara siswa dan siswi, masa pendidikan di MTs, baik MTs Pa maupun MTs Pi, tidak lagi 6 tahun, namun menjadi 3 tahun. Maka, untuk menjembatani siswa di atas kelas 3, dirintislah Madrasah Aliyah (MA) Sunniyyah Selo pada tahun berikutnya (1968).
MTs Pa Sunniyyah Selo terus berkembang menyesuaikan perkembangan zaman. Mata pelajaran yang diajarkan ditambah mata pelajaran umum sebagai upaya untuk menyeimbangkan bekal ilmu yang diberikan kepada siswa.
Pada tahun 1975 pengurus madrasah mendaftarkan MTs Pa Sunniyyah ke Pembinaan Keguruan Agama Islam Departemen Agama RI Propinsi Jawa Tengah. MTs Pa Sunniyyah terus menyesuaikan mata pelajaran agama dan umum, terutama setelah mendapat Piagam Terdaftar.
Pada tahun pelajaran 1979/1980 siswa MTs Pa Sunniyyah mulai ikut serta dalam Ujian Madrasah Tsanawiyah Negeri. Pada perkembangan berikutnya, MTs Pa Sunniyyah menginduk pada beberapa MTs N di sekitarnya. Baru pada tahun pelajaran 2003/2004, MTs Pa Sunniyyah Selo menyelenggarakan ujian mandiri dalam Sub Rayon MTs N Wirosari.
MTs Pa Sunniyyah terus berbenah dan menyesuaikan diri dengan perkembangan yang ada. Pada tahun 1988 kembali mendapat Piagam Terdaftar dari Bidang Pembinaan Agama Islam Departemen Agama RI Propinsi Jawa Tengah.
Perkembangan MTs Pa Sunniyyah Selo semakin mantap dan menjadi semakin baik pada tahun-tahun berikutnya. Hal ini dibuktikan dengan Piagam Jenjang Akreditasi Diakui pada tahun 1993 dan tahun 2000. Bahkan dalam akreditasi terakhir pada tahun 2005, MTs Pa Sunniyyah Selo berhasil mendapatkan Piagam Akreditasi dengan peringkat A.
Dari segi kurikulum dan proses pembelajaran, MTs Pa Sunniyyah Selo senantiasa berusaha meningkatkan kualitas dan menyesuaikan diri dengan tuntutan lingkungan. Adapun pelaksannan Kurikulum yakni